Fragment molecular orbital method: Application to molecular dynamics simulation, 'ab initio FMO-MD'

Yuto Komeiji, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yutaka Ueno, Yuichi Inadomi, Tadashi Nemoto, Masami Uebayasi, Dmitri G. Fedorov, Kazuo Kitaura

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抄録

A quantum molecular simulation method applicable to biological molecules is proposed. Ab initio fragment molecular orbital method-based molecular dynamics (FMO-MD) combines molecular dynamics simulation with the ab initio fragment molecular orbital method. Here, FMO computes the force acting on each atom's nucleus while MD computes the nuclei's time-dependent evolutions. FMO-MD successfully simulated a small polypeptide, demonstrating the method's applicability to biological molecules.

本文言語English
ページ(範囲)342-347
ページ数6
ジャーナルChemical Physics Letters
372
3-4
DOI
出版ステータスPublished - 2003 4月 29
外部発表はい

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  • 物理学および天文学(全般)
  • 物理化学および理論化学

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「Fragment molecular orbital method: Application to molecular dynamics simulation, 'ab initio FMO-MD'」の研究トピックを掘り下げます。これらがまとまってユニークなフィンガープリントを構成します。

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